因为是战争年代，日本的运输船经常遭遇美军潜艇的攻击，沉船事件时有发生。可是，令人奇怪的是，里斯本丸将本国士兵与英军俘虏混装运输，本来就违犯了《日内瓦协定》；如果悬挂相应旗帜，可以提醒敌方，避免误击事件的发生，但里斯本丸并没有这样做；里斯本丸虽然在船上加装了火炮等军事装备，但自卫火力十分有限，航行时，没有任何护航舰艇的里斯本丸，在炮火纷飞的大海上，简直就是一艘移动的“活靶子”，危险性可想而知。
其实，这并非是日本人的愚昧或者一时的粗心大意，恰恰是他们精心策划的阴谋。因为，这些战俘，偷运到日本，既可以无尝进行各种重体力劳动，又可以作为与同盟国交换战俘的筹码，而一旦被世人发觉，必将受到口诛笔伐，让日本政府陷入被动。所以，藏在运兵船内，运往日本，比较安全。而且，他们也相信，无孔不入的英、美间谍，很快就会刺探到这一情报，投鼠而忌器，不敢对里斯本丸发动攻击。
而经田茂船长见多识广，深知此次航行伴随着凶险，因此，他特意贴近海岸线，在浅水海域，采取“之”字形航线，希望最大限度地躲避英、美海军潜艇的盯梢。
