第三，自述1898年春在武昌和张之洞幕僚的争议。据《自定年谱》，张之洞“不憙公羊家，有以余语告者，之洞属余为书驳难”，因而赴鄂。当梁鼎芬等以康氏异同就章“评骘”，并对康氏诋毁时，章太炎即“抗唇力争”。在《艾如张董逃歌序》中也说：“张之洞始为《劝学篇》，以激忠爱，摧横议，就余咨度”。章氏即言，“忠爱则易耳，其俟诸革命以后”，而使“闻者皆怒”[45]。
第四，自述政变以后仍与康有为等“相昵”，而对梁鼎芬之流的“丧其所守”则加讥刺。从而指出“学无所谓异同，徒有邪正枉直”。还是主要从政治上着眼的。
照此说来，章太炎在旅台期间，自述“行谊政术”与康有为等相合，他对康有为等是同情的。过去，他和康门在学派问题上有过争论，当时他怀疑的是“改制”的夸诞外衣，而赞同的则是“改制”以解决社会实际问题；现在，康、梁遭“侦捕”，自己也出亡，在今文、古文的传授得失、治学途径上“始终不能与彼合”，至于政治上还是同情康、梁的[46]。
