还没等方孝孺走到宫殿内，就听见他悲痛的哭喊声。朱棣也颇为感动，觉得他是一个难得的忠臣，于是走下殿来劝导他说：“先生，您不要这样折磨自己了，其实我只是想效法周公辅佐成王罢了。”方孝孺立即反问道：“成王在哪里？”朱棣说：“他已经自焚死了。”方孝孺又继续问：“那为什么不拥立成王的儿子为帝？”朱棣胸有成竹地说：“要治理好国家，需要年长一点的国君才可以。”方孝孺依旧不甘示弱地问：“成王的弟弟很年轻，为什么不拥立他？”方孝孺一个个咄咄逼人的问题，终于惹恼了朱棣，他大声吼道：“这是我们朱家的事。”随即让手下人递给方孝孺一支笔和一张纸，用强迫的口气说：“向天下发诏书，非你起草不可。”天不怕地不怕的方孝孺也愤怒了，他把笔扔到地下，大声说：“死就死吧，诏书是绝对不可能帮你拟写的。”
这下，朱棣真的气急败坏了，恨其嘴巴太硬，一怒之下命令手下人将方孝孺的嘴角割开，撕至耳根，其他大臣都不敢上前劝谏。为了能够解心头之恨，朱棣一面命人将方孝孺继续关押狱中，一面又极力搜捕其亲戚家属等人，就连他曾经教过的学生都不肯放过，被算作“十族”，统统被押解至京，并当着方孝孺的面，一个一个杀戮，直到方孝孺屈服。每杀一个人，就追问方孝孺一声:“是否回心转意？”方孝孺强忍着悲痛，始终不肯屈服于朱棣的威胁。当弟弟方孝友被押解到京时，方孝孺看着因受自己牵累而即将被斩的弟弟，泪水止不住地往下流。此时方孝孺的心情只能用四个字来形容：生不如死。而方孝友呢？依然满脸的从容，临行前他还为哥哥吟诗一首:“阿哥何必泪潸潸，取义成仁在此间。华表柱头千载后，旅魂依旧到家山。”方孝孺也哽咽着作了一首绝命词:“天降乱离兮孰知其由？奸臣得计兮谋国用猷。忠臣发愤兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求？呜呼哀哉兮庶不我尤。”之后，方孝孺就被押到南京城聚宝门外磔死，当时的他仅仅46岁。