沙恩霍斯特在军队建设中还注意整饰军纪、振奋精神，提高官兵的士气。改革前的普鲁士军队军纪十分涣散，其士兵来源于雇佣兵和本地的地痞无赖。为维护军纪，普军实行野蛮的惩罚制度。据规定，犯罪的士兵根据犯罪的轻重必须承受5-30次的夹鞭刑。
夹鞭刑由200人组成的队伍来执行。行刑前，执行队队长发给每个士兵一根用盐水浸过的长长的橡树条或柳树条，让罪犯带着手铐脚镣赤裸上身通过200人所组成的可怕的巷道。因此经过夹鞭刑的士兵非死即残。同时，为了保持容克贵族在军队的地位，规定军官可以任意体罚打骂士兵，因此军官殴打士兵而使士兵自杀的事件也屡见不鲜。这种严酷的惩罚制度使得士兵士气低落，许多人不愿进军队服役。
为了改变这种状况，1808年8月3日，沙恩霍斯特颁布了《军事惩罚条例》和《军官惩罚条例》，规定：取消夹鞭刑；不再枪毙逃兵，最高只判10年监禁；所有重大犯罪均须交临时军事法庭判决；特例死刑呈国王批准；对列兵的惩治仍由军官和军士执行。条例的颁布提高了官兵的爱国主义和服役热情，改善了军官与士兵的关系，加强了军纪。尽管在事实上军官殴打士兵的恶习尚未根除，但至少可以说，军队中最坏的封建弊端已被消除。
