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元朝以中书省为相职,枢密使主兵谋,御史台司纠察。尚书省之设,专以位置言利之臣。言利之臣败,省亦旋废。而六部仍存,为明清两朝制度所本。设宣政院于中央,以辖吐蕃之境,亦为清代理藩院之制所本。元代制度,关系最大的是行省。前代的尚书行台等,都是暂设的,以应付临时之事,事定即撤。元朝却于中原之地,设行中书省十行御史台二,以统辖路府州县。明朝虽废之而设布政、按察两司,区域则仍元之旧。清朝又仍明之旧。虽然略有分析,还是庞大无伦,遂开施政粗疏,尾大不掉之渐了。唐初,惟京兆、河南称府设尹,后来梁州以为德宗所巡幸,亦升为兴元府。宋朝则大州皆升为府,几有无州不府之势。其监司所辖的区域则称为路。元于各路设宣慰司,以领府州县而上属于省。然府亦有不隶路而直隶于省的。州有隶于府的,亦有不隶于府,而直隶于路的。其制度殊为错杂。
明清两朝的制度,大体相沿。其中关系最大的,在内为宰相的废罢,在外为省制的形成。明初本亦设中书省,以为相职。后因胡惟庸谋反,太祖遂废其官,并谕后世子孙,不得议设宰相。臣下有请设宰相的,处以极刑。于是由天子亲领六部。此非嗣世之主所能,其权遂渐入殿阁学士之手。清世宗时,又设立军机处。机要之事,均由军机处径行,事后才下内阁,内阁就渐渐地疏阔了。