宋朝对科举制做了不少改革。宋太祖时正式建立殿试制度，即礼部考试后由皇帝在殿廷主持最高一级考试。考生在殿廷及第后，可直接授官。北宋时殿试第一名称榜首；第二、第三名称榜眼；一、二、三名都可称状元。南宋以后，改称第一名状元，第二名榜眼，第三名探花。宋朝科举制基本上仍分制科和常科。常科考试分州府试、礼部试、殿试三级。州府试称解试，礼部试也称省试。
元朝科举制度也分乡试、会试、御试三级，但将蒙古人、色目人和汉人、南人分开考试，并分别登榜。元朝科举考试重经义而轻诗赋。
明清两代，科举制度变得十分严密，各种弊端也愈发严重。明清科举制度的一个重要特点是学校与科举考试紧密结合，进学校成为参加科举考试的必由之路。考试程序分三级，即乡试、会试、殿试。乡试每三年一次，在各省举行，考生应先参加县试和府试，录取后再参加由中央派往各省的学道（或称学政、学台）所支持的院试，院试录取者称生员，俗称秀才。乡试逢子、卯、午、酉年举行。乡试录取者称为举人，第一名称为解元。举人可于第二年进京参加中央举行的会试。会试由礼部主持，逢丑、辰、未、戌年的3月举行。会试录取者称贡士或进士，别称明经。第一名称会元。殿试在会试后的同年4月21日举行。凡贡士均参加殿试，由皇帝亲自主持，分三甲录取。一甲三人称“进士及第”，二甲若干人为“进士出身”，三甲若干人为“同进士出身”，一甲第一名称状元，如果乡试、会试、殿试均考取第一名（解元、会元、状元），俗称“连中三元”。一甲第二名称榜眼，第三名称探花。合称三鼎甲。明清时期科举制的最大变化在于考试的内容和形式。乡试和会试，专取“四书五经”命题，考生答题有固定的程式和一系列“清规戒律”：规定一篇文章在开始的破题、承题之后，必须有起讲、领题（入手）、提比（起股）、中比（中股）、后比（后股）、束比（束股）、落下等部分。在提比、中比、后比、束比的每一部分必须有两股两相排偶的文字，共计八股，所以这种严格的文体又称八股文。