6月23日，以国防人民委员(即国防部长)铁木辛哥为主席的苏联武装力量统帅部大本营成立。
6月29日，苏共中央向全国宣布，将抗击法西斯德国入侵的作战称为“卫国战争”。
6月30日，战时领导国家的特别机构——苏联国防委员会成立，苏共中央总书记斯大林就任委员会主席，外长莫洛托夫任副主席，委员有伏罗希洛夫、马林科夫、贝利亚(后增补沃兹涅夫斯基、布尔加宁、卡冈诺维奇、米高扬)。
战火甫起，苏联西部边境全线失守。情急之下，斯大林决定以最严厉的处罚来惩戒被他认为是失职的高级将领。7月，他下令枪毙西方方面军司令巴甫洛夫大将、参谋长克利莫夫斯基少将、通讯主任格里戈里耶夫少将、方面军下辖第4集团军司令科罗布科夫少将4人。斯大林指示说：“我批准这个判决……不要拖延。不准上诉。然后用命令通知各方面军，让大家都知道，我们惩处打败仗的人是手下无情的!”
第41步兵军军长科索布茨基由于逃离合围，7月26日被送交军事法庭，被枪决。
接着，斯大林又下令逮捕一批有败绩的军事首长，如总参军事学院系主任梅利科夫少将、红军通讯部部长戈皮奇少将、西方方面军副参谋长戈鲁什科维奇少将、第27集团军参谋长罗曼诺夫少将、第30步兵军军长谢利瓦诺夫中将、第6步兵军军长阿列克谢耶夫少将、列宁格勒方面军副参谋长谢马什科少将、第4坦克师师长波塔图尔切夫少将……他们之中，有的得以重返前线，有的被长期关押在集中营，有的则倒在行刑队的枪口下。